Soumokil bantu-membantu terlibat dlm pemberontakan Andi Azis. Namun, setelah gagalnya gerakan itu ia melarikan diri ke Maluku Tengah dgn Ambon sebagai pusat kegiatannya.
Untuk itu pemerintah mendelegasikan Dr. Leimena untuk mengajak berunding. Misi Leimena tak sukses alasannya RMS menolak untuk berunding.
Pemerintah bertindak tegas, pasukan ekspedisi di bawah pimpinan Kolonel A. E. Kawilarang diantarkan ke Ambon. Dalam pertempuran memperebutkan benteng New Victoria, Letkol Slamet Riyadi tertembak & gugur.
Pada tanggal 28 September 1950 pasukan ekspedisi mendarat di Ambon & bagian utara pulau itu berhasil dikuasai. Tanggal 2 Desember 1963 Dr. Soumokil berhasil ditangkap selanjutnya tanggal 21 April 1964 diadili oleh Mahkamah Militer Laut Luar Biasa & dijatuhi eksekusi mati.