1. Perlawanan Sultan Baabullah Mengusir Portugis
Ketika Portugis datang ke Maluku, terjadi perang antara Kerajaan Tidore dgn Portugis pada tahun 1529. Perang ini disebabkan lantaran Portugis membatasi pedagang dr Banda yg akan berjualan dgn Tidore. Armada kapal Portugis selalu menembaki bahtera (jung-jung) dr Banda yg mau berbelanja cengkeh dr Tidore. Merasa tak tenteram dgn perlakuan kapal-kapal Portugis tersebut kemudian Tidore melakukan perlawanan pada Portugis. Tetapi Portugis melaksanakan politik adu domba antara Kerajaan Ternate & Tidore, disamping itu Portugis pula memperoleh perlindungan dr kerajaan Bacan. Dan akhirnya Portugis menjangkau kemenangan atas Tidore. Tapi tak lama kemudian rakyat kerajaan Ternate menyadari bahwa kehadiran Portugis hanya menghancurkan perdamaian yg sudah ada. Sultan Hairun selaku Sultan Kerajaan Ternate sukses mempersatukan Maluku untuk bareng melakukan perlawanan pada Portugis pada tahun 1565. Pada perlawanan itu menyebabkan keadaan Portugis makin terdesak & Portugis memperlihatkan penawaran untuk melaksanakan perundingan. Sultan Hairun mendapatkan anjuran kunjungan itu lantaran beliau merupakan raja yg cinta damai.
Selanjutnya negosiasi dilaksanakan di benteng Sao Paulo pada tahun 1570, tetapi Portugis melakukan cara curang Dengan menangkap & membunuh Sultan Hairun pada dikala negosiasi dilaksanakan. Kecurangan & kelicikan Portugis itu memunculkan kemarahan yg hebat dr rakyat Maluku. Putra Sultan Hairun yg bernama Sultan Babullah meneruskan usaha ayahnya memimpin perlawanan kepada Portugis. Dan Portugis terus terdesak sampai balasannya pada tahun 1575 mereka berhasil diusir dr Ternate & melarikan diri ke Ambon.
Selanjutnya Portugis terpaksa meninggalkan Ambon karena diusir oleh VOC tahun 1605 & seterusnya menguasai Timor Timur & menjajah di sana. 2. Perlawanan Kesultanan Aceh
Sultan Iskandar Muda dr Aceh telah mempersiapkan armadanya untuk menyerang Portugis di Malaka. Pada waktu itu sebanyak 800 tentara dikerahkan untuk menyerbu Portugis. Tepat pada tahun 1629 serangan dilaksanakan namun Aceh masih mengalami kegagalan untuk menaklukkan Portugis. Tetapi meskipun begitu, Aceh tetap menjadi kesultanan yg merdeka.
3. Perlawanan Sultan Hasanuddin Sultan Hasanuddin merupakan Sultan dr Kerajaan Gowa di wilayah Sulawesi Selatan. ia yakni pejuang yg gigih & sungguh diperhitungkan oleh VOC, Maka dr itu ia diberi julukan “Ayam Jantan dr Timur”. Tetapi dgn menggunakan politik memecah belah VOC berhasil mengadu domba antara Kerajaan Gowa & Bone yg dipimpin oleh Arung Palaka. VOC menunjukkan pinjaman pada Bone sehingga Sultan Hasanudin mengalami kekalahan & dipaksa untuk menandatangani Perjanjian Bongaya pada tanggal 18 November 1667. sebagian isi dr kesepakatantersebut sangat merugikan Kerajaan Gowa, yakni selaku berikut :
a. VOC bisa mendirikan benteng di kawasan Makassar
b. VOC mendapat Hak monopoli dagang komoditi rempah-rempah di Makassar
c. Makassar mesti melepaskan kawasan kekuasaannya
d. Makassar harus mengakui Arung Palaka sebagai Raja Bone
Dengan adanya perjanjian itu kawasan Sulawesi Selatan terpecah menjadi beberapa kerajaan kecil yg lemah & susah melaksanakan perlawanan pada VOC.